Un ecosistema puede ser de cualquier tamaño, por ejemplo, desde el tamaño de una pequeña piscina de mareas hasta el tamaño completo de la biosfera. Sin embargo, los lagos, pantanos y áreas forestales son ejemplos típicos de áreas comparadas en las discusiones sobre diversidad de ecosistemas. La diversidad de un ecosistema depende de la diversidad de especies existentes, la interacción de las especies entre sí y con el medio ambiente, y las características físicas del medio ambiente. Por lo tanto, la complejidad funcional de un ecosistema aumenta con la cantidad y variedad de especies existentes y la complejidad del entorno físico. Sin embargo, algunos ecosistemas que no parecen físicamente complejos y que no son particularmente ricos en especies también pueden ser funcionalmente complejos. Esto se debe a que estos ecosistemas tienen especies con habilidades bioquímicas para sobrevivir en condiciones adversas y obtener su energía de fuentes químicas inorgánicas.
Las propiedades físicas de un entorno como la temperatura del ecosistema, la precipitación y la topografía afectan la diversidad del ecosistema. Por lo tanto, las especies en ecosistemas tropicales cálidos se consideran más ricas que los ecosistemas templados fríos. Mientras tanto, el flujo de energía en el medio ambiente también afecta significativamente el ecosistema. Por ejemplo, una costa abierta con alta energía de las olas tiene un ecosistema muy diferente al de un entorno de baja energía, como un pantano salado protegido. O, en una colina o montaña, se encuentra vegetación atrofiada y baja diversidad de especies, mientras que se encuentra vegetación más productiva y alta diversidad de especies en valles protegidos.
Generalmente, la degradación ambiental en escalas temporales y espaciales afecta la biodiversidad y por lo tanto la diversidad de un ecosistema. Por ejemplo, los sistemas fluviales del norte de Nueva Zelanda se han visto afectados negativamente por erupciones volcánicas, y las inundaciones cargadas de cenizas aguas abajo de los ríos destruyeron gran parte de la fauna de peces en los ríos.
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